というわけで、やっとこさエンコードが完了しました。同じような現象に陥っている方が万が一いると気の毒なので、綺麗にまとめて記事にしておきます。


MMDで音をいれてaviに書き出して、Aviutl（エンコードソフト）で再生したときもちゃんと音はでた！なのにいざエンコードするとmuxのエラーだとか言われて無音のMP4が出来上がってしまう、そんなアナタ。
対処法としては次の手順がみつかりました。
1．MMDをaviに書き出すとき、音声は一緒に書き込まない。
2．Aviutlで音声ファイル読み込み⇒拡張編集をつかって音声場所等の調整
3．エンコード開始
4．GOMプレイヤーなどではなく、コーデックチェッカー機能のある VLC media player で再生
これでまず再生できるはずです。 


私はGOMプレイヤー使用者だったので、まずVLCを導入してみたのですが、やはり音声を書き込んで出力したMMDは、いくらエンコしても無音でMP4変換されました。しかし、適当な画像に音声出力をして書き出したMP4にはちゃんと音がはいっていました。
ちゃんとAviutleの設定もしたのに何で!?　という方は、まずVLCのダウンロードをしてみましょう。

ちなみに音声書き込み済みのMMDにAviutlで音声ファイルを読み込んでもいけるかもしれませんが、そちらは試してないのでできるかどうかの保証はできません。
ただ、Aviutlで音声入力した場合、元の音声は上書きされて消えてしまうという話を聞いたので、もしかしたらいけるかもですね。実験してくれる勇者求ム！ｗ　3日間くらいエンコに悩まされ続けたので、私はしばらく遠慮いたします(笑)